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サーバー用途のマザーボードですが、基本的にソケットがCPUとあっていれば何でも良いでしょう。　「自宅サーバーお勧めCPU」で紹介したCPUであればLGA775（Socket775）対応のマザーボードを購入することになります。　私はMicroATXという小型・省スペース仕様の筐体（ケース）が好きなので、MicroATXでLGA775対応のマザーボードを購入しました。　具体的には以下のの2枚。

• BioStar　TF7100P-M7
• GigaByte　GA-G31MX-S2

どちらも一万円以下の安価なマザーボードですが、CentOS（Linux)を動かすには充分なスペックです。

自宅サーバー用　マザーボードの選定ポイント（あえて挙げるなら）

• グラフィックボードが搭載されているものが良いでしょう。（ほとんどものが搭載されています）　グラフィックボードのメモリーは32MBあれば充分です。　必要以上のビデオメモリーを搭載していると消費電力が多くなるのとシステム内の温度が上昇するので、ファンが多く回り騒音の原因になります。
• LANカードも搭載されているものが良いでしょう。（ほとんどものが搭載されています）10/100/1000LANとか書いてあればOKだと思います。
• 搭載できるメモリーはマザーボードによって制限があります。　2GB以上搭載できれば問題ないと思います。
• SATA2をサポートしているものが良い。　最新のハードディスクの仕様がSATAで転送速度が300GB/sのものがSATA2。　SATA2に対応したものを選ぶ。（ほとんどものがSATA2対応です）

細かいことをいうとコンデンサーが固体コンデンサー（ソリッド・コンデンサー）のものが液漏れなどのトラブルが少なくて良いようですが、実際はそこまでの仕様確認が難しいのが実情です。　サーバー用途なのでそこそこののもの、価格で言えば8,000～10,000円くらいの安価なもので充分だと思います。